限制性緩沖液將pH保持在適合酶活性的范圍內，并提供催化所需的鹽輔助因子。由于不同的限制性內切酶需要不同的鹽條件和pH，因此可以使用單一的折衷緩沖液，其在各種限制性內切酶優選的條件之間達成平衡。