蛋白質印跡是生化實驗室中最常見的程序之一?；旧?，它從大小上將蛋白質與樣品分開，然后使用抗體進行測試以確定是否存在給定的蛋白質。它不僅在研究中有用，而且在醫學或診斷實驗室中也有用。例如，針對HIV和萊姆病的檢測均包括酶聯免疫吸附測定（ELISA）檢測，如果ELISA檢測呈陽性，則進行蛋白質印跡分析。然而，盡管它很流行，但是蛋白質印跡具有一些缺點。

古典蛋白質印跡是非定量的。換句話說，盡管他們可以告訴研究人員是否存在某種特定的蛋白質，但他們無法量化存在多少蛋白質。一些生物技術公司現在出售試劑盒，使研究人員或實驗室技術人員能夠使用標準曲線定量蛋白質的含量-但這僅在有相同蛋白質的純樣品可用時才有效。此外，蛋白質的分子量只能通過蛋白質印跡法估算，而不能像質譜法那樣精確確定。

僅當可獲得針對目的蛋白的一抗時，才能進行蛋白質印跡。生物技術公司可以提供許多不同蛋白質的抗體，但它們并不便宜；如果無法使用給定蛋白質的一抗，則無法進行蛋白質印跡以尋找特定蛋白質。此外，研究人員可能想確定某種蛋白質是否已被修飾（例如，是否已被磷酸化（例如，其上有一個磷酸基團連接）），并且通過蛋白質印跡技術，他們需要對該修飾蛋白具有特異性的抗體蛋白。

正確進行蛋白質印跡并獲得良好的結果可能具有挑戰性，因此必須對員工進行良好的培訓。在這方面，經驗也許是最好的導師。即使對于有經驗的技術人員，蛋白質印跡也是費時的。例如，實驗的凝膠電泳儀部分通常需要一到兩個小時才能運行。當然，在凝膠運行時還可以執行其他任務，但是實驗仍然需要相當長的時間才能獲得結果。

抗體有時可能會表現出脫靶結合，這可能導致較差的結果。此外，通過蛋白質印跡，您將使用針對特定蛋白質的抗體，因此您的結果只會告訴您該蛋白質是否存在。相比之下，高分辨率質譜分析揭示了樣品中存在的所有蛋白質，與經典的蛋白質印跡不同，它是定量的。當然，重要的是要記住，與蛋白質印跡法相比，質譜法昂貴得多，并且使用起來在技術上也更具挑戰性。