核酸印跡是一種成熟的技術，用于鑒定先前在凝膠中分離的特定核苷酸序列的存在。（

Southern印跡以其發明者英國生物學家Edwin Southern命名。在Southern印跡中，分析DNA，在Northern印跡中如果是RNA。在這兩種情況下，來自完整凝膠的DNA或RNA都將轉移到一塊硝酸纖維素膜或尼龍膜上。然后將膜暴露于雜交探針，即具有特定序列的單個DNA片段，要確定其在靶DNA（或RNA）中的存在。對探針DNA進行標記，以便可以通過射線照相，熒光或化學發光法對其進行檢測。

印跡的第一步是核酸從凝膠到膜的轉移，這通常使用毛細管轉移方法完成。在此過程中，將凝膠放置在紙芯的頂部，該紙芯浸入包含轉移緩沖液的容器中。膜夾在凝膠和一堆吸收性材料（通常是干紙巾）之間，該吸收性材料通過毛細管作用使轉移緩沖液通過凝膠。然后，凝膠中的核酸分子被緩沖液攜帶并固定在膜上。真空吸印是另一種越來越流行的吸印程序，因為它速度更快且回收率很高。真空印跡法還使用緩沖液流將核酸帶轉移到膜上，但是它使用真空而不是毛細管作用來創建該流。

一旦轉移完成，最初在凝膠上的所有核酸帶就被固定（印跡）在膜上，雜交過程可能開始。將膜與一小段DNA或RNA（探針）一起孵育，該DNA或RNA的序列與膜中特定的DNA或RNA序列互補。這允許探針與膜上的特定DNA片段雜交或結合。探針先前已被標記，通常用放射性原子，熒光染料標記或用酶標記，該酶在與合適的底物孵育后會產生化學發光信號。雜交后，標記的探針允許從膜上許多不同的DNA片段中檢測目標DNA片段。