超純水用于印跡的許多步驟：樣品，緩沖液，凝膠和沖洗液的制備。在進行自身印跡之前，無論是進行Southern印跡還是Northern印跡，樣品制備都需要特別注意用于保護原材料（分別為DNA或RNA）的水質。
主要的樣品制備步驟是通過提取，擴增和預處理使RNA變性以防止形成堿基配對的二級結構，從而進行分離。
水質參數
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離子
帶電分子可以通過改變溶液（緩沖液，樣品等）的整體電荷，然后加速或延遲遷移來干擾遷移電泳步驟。
在雜交步驟中離子的濃度也很重要。為了在最佳條件下進行雜交，應注意特定的濃度。從幾乎沒有離子的水開始（25°C時的電阻率18.2MΩ•cm）可確保在正確的離子強度和pH值下制備緩沖液。
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有機物
有機分子會在雜交過程中產生干擾。那些帶負電荷的分子可以像DNA和RNA一樣起作用，并且可以代替DNA或RNA非特異性結合。帶正電的分子實際上可以與DNA或RNA和寡核苷酸結合，從而阻礙或干擾雜交過程。因此，建議使用低TOC值（<10 ppb或µg / L）以確保有機物含量方面的水質良好。
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核酸
酶核酸酶降解NA樣品。使用超濾可有效去除這些酶。在將水從系統中抽出并使用之前，將超濾器安裝在凈化單元的出口。請參閱“ 無核酸酶水”部分。
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細菌
細菌釋放可降解核酸樣品的核酸酶。它們含有DNA，可能會干擾要檢查的DNA。最終，它們釋放出離子和有機物，這些離子和有機物可能會對印跡步驟產生負面影響。用Ultrafilter（BioPak）純化的水細菌含量<0.1 cfu / mL。
總而言之，考慮到與印跡步驟相關的整個過程，水應不含核酸酶和細菌，具有高電阻率和低TOC。所有這些都可以在輸送高純度水的凈水設備的使用點（出口）處使用超濾設備獲得。
